Pada tanggal 5 juni 2018 Tim Borang Pendirian Program strata dua manajemen pendidikan Islam diundang menghadiri uji kelayakan pendirian program studi ke Jakarta, tepatnya di Hotel Santika Premier Bumi Serpong Damai. Rombongan yang dipimpin oleh Direktur Pascasarjana Dr. H. Ismail, M.Ag. dengan memboyong masing-masing ketua Panitia Borang; Dr. Gazali, M.Ag.: Ketua Borang Prodi Aqidah dan Filsafat islam, Dr. Iswantir, M.Ag.: Ketua Borang Manajemen Pendidikan Islam, Dr. Hesi Eka Putri, M.Si., Ketua Borang Ekonomi Islam. Dari tiga proposal yang diujikan pada bulan Ramadhan ini lolos ke babak berikutnya dua program studi, yaitu Aqidah dan Filsafat Islam serta Manajemen Pendidikan Islam. Bertindak sebagai penguji dalam ujian kelayakan pendidian program studi ini adalah; Prof. Dr. H. Masykuri Abdillah,MA, sebagai Ketua penguji, Prof. Dr. H. Ahmad Tib Raya,MA (anggota), Prof. Dr. H. Aziz Facrurrozy,MA (anggota).
Pada tanggal 21 Desember 2018 Tim Asesor dari BAN-PT yang dipimpin oleh Dr. Ahmad Tolaby, MA, mengunjungi Pascasarjana IAIN Bukittinggi dalam rangka visitasi kesiapan pascasarjana IAIN Bukittinggi dalam melaksanakan Program Studi Strata Dua Aqidah Filsafat Islam dan Prgram Studi Manajemen Pendidikan Islam. Visitasi yang dibuka oleh Dr. H. Asyari, M.Si., (Wakil Rektor Bidang Akademik dan Pengembangan Lembaga) dihadiri oleh seluruh calon dosen S2 AFI dan MPI serta seluruh dokumen pendukung dalam pelaksanaan ke dua Prodi tersebut. Ke dua asesor sangat puas dengan kesipan tim dalam menjelaskan seluruh kemampuan pascasarjana IAIN Bukittinggi dalam melaksanakan S2 baru ini, naik dari segi sarana dan prasarana.
Dengan mengucap puji syukur kepada Allah swt. Dan diiringi do’a seluruh civitas akademika IAIN Bukittinggi, Direktur Jenderal Pendidikan Islam pada tanggal 22 Mei 2019 mengeluarkan SK Pendirian Program Studi Strata Dua Manajemen Pendidikan Islam dengan nomor: 253 tahun 2019. Berbekal izin tersebut maka Pascasarjana IAIN Bukittinggi langsung melakukan penerimaan mahasiswa baru program studi Manajemen Pendidikan Islam. Alhamdulilah pada angkatan pertama mahasiswa Manajemen Pendidikan Islam berjumlah lima orang dari berbagai latar belakang pendidikan dan profesi, di antaranya; alumni Pendidikan Agama Islam, kepala Madrasah dan Pesantren, serta tiga orang guru dari pesantren dan sekolah.
Pada awal pertama perkuliahan seluruh manajemen dan kependidikan di handle, oleh direktur Pascasarjana, setelah memasuki semester kedua diadakan formalisasi akademik dengan mendudukkan M. Arif, M.Ed,P.h.D. sebagai ketua program studi strata dua manajemen Pendidikan Islam. Dengan semakin terstrukturnya kurikulum, pembelajaran dan manajemen penmbelajan di Program Studi MPI diharapkan Prodi ini menjadi pilihan bagi calon-calon manejer pendidik dan kependidikan di lingkungan sekolah, madrasah dan pesantren di Sumatera Barat khususnya.