Penelitian ini dilatarbelakangi oleh munculnya pandemic covid-19 yang menyebabkan perubahan dalam banyak hal terlebih dalam kegiatan pembelajaran. Banyak keluhan dari orangtua terhadap menurunnya hasil belajar siswa, khususnya dalam mata pelajaran IPA. Untuk itu, maka penelitian ini untuk mengetahui factor-faktor yang mempengaruhi hasil belajar siswa masa pandemic covid-19 dari sisi manajemen pembelajaran dan motivasi belajar siswa. Metode yang digunakan dalam penelitian ini adalah penelitian kuantitatif dengan menggunakan pendekatan Ex Post Facto. Metode ini digunakan untuk mendeskripsikan fenomena manajemen pembelajaran dan motivasi belajar siswa yang ditemukan memberikan pengaruh terhadap hasil belajar IPA siswa madrasah tsanawiyah negeri di Kabupaten Lima Puluh Kota. Lokasi penelitian adalah MTsN di Kabupaten Lima Puluh Kota dan masa penelitian dari bulan Desember 2021 sampai dengan April 2022. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa nilai R adalah 0,319, dan berdasarkan rumus pengujian hipotesis, R menunjukkan pengaruh variabel yang di uji. Peneliti menafsirkan data hasil uji pengaruh bahwa terdapat pengaruh sebagai berikut; 1) manajemen pembelajaran memberikan pengaruh terhadap hasil belajar IPA siswa MTsN di Kabupaten Lima Puluh Kota sebesar 8,12%, 2) motivasi memberikan pengaruh terhadap hasil belajar IPA siswa MTsN di Kabupaten Lima Puluh Kota sebesar 31%, dan 3) manajemen pembelajaran dan motivasi sama-sama memberikan pengaruh terhadap hasil belajar IPA siswa MTsN di Kabupaten Lima Puluh Kota sebesar 10,17.